《非線性動力學叢書》序 前言 緒論 0.1 分子生物學簡介 0.1.1 DNA 0.1.2 蛋白質 0.1.3 從基因到蛋白質 0.1.4 生物大分子在生命活動中的作用 0.2 分子系統生物學研究的基本特征 參考文獻 第1章 復雜網絡 1.1 復雜系統研究的概況 1.1.1 耗散結構理論 1.1.2 協同論 1.1.3 復雜系統中的自適應性 1.1.4 非線性共性——混純 1.1.5 混沌控制、混沌同步與混沌邊緣 1.2 生物系統是復雜系統 1.3 網絡基礎理論 1.4 復雜系統建模一復雜網絡 1.5 生物網絡特征的簡介 參考文獻 第2章 化學反應動力學 2.1 質量作用定律 2.2 酶動力學（enzyme kinetics) 2.2.1 Michaelis-Menten 法則 2.2.2 可逆的催化反應 2.2.3 Hill公式 2.2.4 Species-Reaction(SR) Graph 簡介 參考文獻 第3章 單調動力系統 3.1 單調動力系統基礎 3.2 單調動力系統的動態與分解 參考文獻 第4章 基于生物數據的網絡推導 4.1 概述 4.2 轉錄調控網絡 4.2.1 構建轉錄調控網絡的常用數據 4.2.2 轉錄調控網絡重建 4.3 轉錄后調控網絡 4.3.1 線性規劃模型 4.3.2 動力學模型 4.3.3 分級網絡模型 4.4 轉錄調控網絡模體 4.5 常用生物網絡分析和可視化軟件 4.5.1 CentiScaPe 4.5.2 SNOW 4.5.3 VisANT 4.5.4 ChiBE 4.5.5 Cytoscape 4.5.6 Pajek 4.5.7 FANMOD 4.5.8 POINeT 4.5.9 Osprey 4.5.10 BioLayout Express3D 4.6 小結 參考文獻 第5章 由進化論構建網絡的方法 5.1 用DD方法研究生物網絡的度負關聯性 5.1.1 隨機復制模型 5.1.2 偏愛復制模型 5.1.3 節點刪除變異模型 5.1.4 刪邊變異模型 5.1.5 加邊變異模型 5.1.6 重組邊變異模型 5.2 DD方法構建具有綜合生物網絡特征的模型 5.2.1 **種方案 5.2.2 第二種方案 5.2.3 第三種方案 5.2.4 第四種方案 5.2.5 新的混合DD模型 5.3 用DD方法構建平均場意義下的生物網絡 參考文獻 第6章 基于生物分子網絡的知識發現 6.1 網絡模體 6.1.1 轉錄調控網絡中的網絡模體 6.1.2 轉錄后調控網絡中的網絡模體 6.1.3 蛋白質相互作用網絡中的模體和模塊 6.2 生物網絡中的分層結構 6.3 基于生物網絡的知識挖掘 6.3.1 人類疾病網絡 6.3.2 藥物-粑蛋白網絡 6.3.3 小結 參考文獻 第7章 細胞信號轉導通路：建模和識別 7.1 細胞信號轉導 7.2 信號轉導網絡建模 7.2.1 微分方程模型 7.2.2 Petri 網絡模型 7.2.3 布爾網絡 7.3 基于蛋白質相互作用網絡的信號通路識別 7.3.1 統計方法 7.3.2 概率圖模型 7.3.3 優化方法 7.4 信號途徑的應用 7.5 總結 參考文獻 第8章 具有典型動力學性質的生物分子網絡介紹 8.1 具有平凡動力學特征的網絡 8.2 具有開關效應的網絡 8.2.1 單基因雙穩系統 8.2.2 雙基因雙穩系統 8.2.3 高維生物系統中的多穩態 8.2.4 更多平衡點的多穩態系統 8.3 具有振蕩效應的網絡 8.4 具有可激發性質的網絡 參考文獻 第9章 生物分子網絡中的調控現象 9.1 基因表達調控 9.2 小 RNA 調控 9.3 積分控制 9.4 單調控制系統 參考文獻 第10章 一些生命現象的網絡分析例子 10.1 細胞周期 10.1.1 一類簡單的通用模型 10.1.2 一些常見的模型 10.2 酵母細胞周期網絡的離散和連續模型 10.3 酵母細胞周期網絡的隨機模型 10.4 生物節律 10.4.1 果蠅的生物鐘 10.4.2 藍藻生物鐘 10.4.3 哺乳動物生物鐘 10.5 哺乳動物節律的網絡模型 10.6 細胞通信和細胞同步行為研究 10.7 適應性模型 參考文獻