導言
上朝鮮國王條陳（約1882）
致朝鮮京畿道金宏集書（約1882）
改革招商局建議（1885）
致汪康年（1896）
務農會條議（1897）
論葉君《條議書》（1897）
槍不殺人（1897）
炮臺新制（1897）
利瑪竇遺像題詞（1897）
徐光啟遺像題詞（1897）
湯若望遺像題詞（1897）
南懷仁遺像題詞（1897）
致汪康年（1897）
致汪康年（1898）
捐獻家產興學子據（1900）
致朱志堯（1900）
開鐵路以圖自強論（1901）
興學筆錄（1902）
震旦學院章程（1902）
致英華（1902）
《拉丁文通》敘言（1903）
致汪康年（1903）
明故少保加贈太保禮部尚書兼文淵閣大學士徐文定公墓
前十字記（1903）
前震旦學院全體干事中國教員全體學生公白（1905）
復旦公學章程（1905）
復旦公學廣告（1905）
中國圖書有限公司招股緣起啟（1906）
《也是集》序（1907）
政黨之必要及其責任（1908）
《墨井集》序（1908）
《古文拾級》序（1909）
《求新廠出品圖》敘（1911）
復旦學院廣告（1911）
勸勿為盜布告（1912）
復旦公學招生廣告（1912）
辛亥政見（南華錄）（1912）
致孫中山（1912）
上總統書（1912）
致熊希齡（1912）
上教宗求為中國興學書（1912）
致董恂士（1913）
致英華（1913）
致英貞淑（1913）
覆丁義華（1913）
《〈新史合編直講〉音譯名稱合璧》引言（1913）
函夏考文苑文件十種（1913）
北京法國文術研究會開幕詞（1914）
代擬宋氏山莊碑記（1914）
一國元首應兼主祭主事否（1914）
宗教在良心（1914）
宗教之關系（1914）
信教自由（1914）
一九一五年（1914）
答客問一九一五年（1914）
致英貞淑（1914）
重刊《主制群征》序（1915）
重刊《辯學遺牘》跋（1915）
致英貞淑（1915）
致張漁珊（1915）
題贈楊佑廷（1916）
青年會開會演說詞（1916）
《圣經》與人群之關系（1916）
書《利先生行跡》后（1916）
《萬松野人言善錄》序（1916）
《憲法草案》大、二毛子問答錄（1916）
書《〈天壇草案〉第十九條問答錄》后（1916）
書《請定儒教為國教》后（1916）
保持《約法》上人民自由權（1916）
代擬《反對孔道請愿書》五篇（1916）
憲法向界（1916）
《約法》上信教自由解（1916）
信教自由（1916）
書《分合表》后（1916）
國民大會說（1916）
農業改良友助社簡章（1916）
呈設農業改良社（1916）
致英華（1916）
致英貞淑（1916）
跋文澂明《懷歸詩》（1917）
《元代也里可溫考》序（1917）
致段祺瑞（約1917）
重刊《真主靈性理證》序（1918）
重刊《靈魂道體說》序（1918）
《言善錄》再版序（1918）
民國民照心鏡（1918）
《民治學會簽名簿》題詞（1918）
致英貞淑（1918）
致英華、英貞淑（1918）
致英華（約1918）
無題（1919）
《明李之藻傳》序（1919）
重刊《靈言蠡勺》序（1919）
答問中國教務（1919）
錄北京一九一九年十一月十八日巡閱使光主教致天津
華鐸書并按（1919）
題《愧林漫錄》（1919）
現今財政以組織收支細則為要務說（1919）
致英貞淑（1919）
致英華（1919）
致陳垣（1919）
致張漁珊（1919）
致張仲仁（1919）
致陳垣（約1919）
代擬《北京教友上教宗書》（1920）
《王覺斯贈湯若望詩翰》跋（1920）
跋《造花園新法序》（1920）
《教宗本篤十五世通牒》譯文（1920）
教育培根社募捐小引（1920）
致英華（1920）
重刻《忍字輯略》序（1921）
無題（1921）
致英華（1921）
致英貞淑（1921）
五十年來之世界宗教（1922）
《康墨林戒弟書》書后（1922）
致英華（1922）
致英貞淑（1922）
致楊千里（1922）
《致知淺說》付刊敘（1923）
《致知淺說》小引（1923）
《原言》自序（1923）
致英華（1923）
致英貞淑（1923）
致劉少坪（1923）
致英華（約1923）
二黃司鐸輝烈、誠烈祖母劉太夫人百歲記（1924）
覆徐季龍先生電（1924）
《尤其反對基督教理由》書后（1924）
致英華（1924）
美國本篤會士創設北京公教大學宣言書稿（1925）
致英華（1925）
《芝加哥萬國圣體大會事理之說明》譯文（1926）
《天民報》發刊詞（1926）
致徐宗澤（1926）
致英華（1926）
致英千里（1926）
羅馬教廷錫封瓦嘉郡司牧代任宣化區司教趙公墓堂碑（1927）
問謀叛專制與謀叛共和其罪孰大（約1927）
《胡明復先生遺稿》序（1928）
致陸徵祥（1928）
謝剛總主教書（1928）
《圣難繹義》敘（1928）
釋景教（1928）
教廷使署志（1929）
代譯《教廷駐華代表上主席書》（1929）
當今教宗晉鐸五旬金慶（1929）
統一經文芻議（1929）
《納氏英文法講義》敘（1929）
致徐宗澤（1929）
致陳垣（1929）
威縣蘂軒張府君墓表（1930）
題《徐季龍先生墨跡》（1930）
題墨井道人畫（1930）
九一壽辰演說詞（1930）
《〈孝經〉之研究》序（1930）
江蘇省《通志》局宗教一門囑擬之稿（1930）
致徐宗澤（1930）
《歷代軍事分類詩選》敘（1931）
息焉公墓碑記（1931）
勸國人慰勞東北抗日軍隊（1931）
致陸徵祥（1931）
九二老人病中語（1931）
《世界雜志》題詞（1931）
致徐宗澤（1931）
備忘錄（約1931）
六十年來之上海（1932）
《李誦清堂述德錄》序（1932）
致陸徵祥（1932）
《勒賽夫人日記》與《日思錄》序（1932）
《宗座代表駐華十周年大慶特刊》發刊詞（1932）
題《磐石雜志》創刊號（1932）
跋《中國民治促成會發起宣言》（1932）
與熊希齡、章太炎等組織中華民國國難救濟會通電（1932）
致徐宗澤（1932）
國貨年獻詞（1933）
聯合宣言甲（1933）
聯合宣言乙（1933）
聯合宣言丙（1933）
警國人勿幸小勝（1933）
徐文定公逝世三百年紀念詞（1933）
求為徐上海列品誦（1933）
徐文定公與中國科學（1933）
贈科學研究會（1933）
致陸徵祥（1933）
勉馮玉祥電（1933）
致馮玉祥通電（1933）
致宋哲元通電（1933）
雙十節獻詞（1933）
國貨展覽會演說詞（1933）
《南海黃竹岐鄉何氏譜》序（1933）
十誡序論（1933）
宗教與文化（1933）
致陳垣（1934）
致于斌（1934）
贊許章太炎講學（1935）
民治私議（1935）
聯邦議（1935）
《童鮑斯高圣傳》序（1935）
題贈丁在君先生（1935）
題贈映珹（1935）
勸國人節約拯救水災書（1935）
致復旦大學學生書（1935）
耶穌圣心敬禮短誦（1936）
《救世福音對譯》敘（1936）
貝沙羅司牧馬師大裔族費來弟氏安德勒自序（1936）
教宗比阿九世答法文譯者饒寶褻封菜山巒司鐸
譯文及按語（1936）
蘇聯對中國毫無野心（1936）
題贈全救第二次執委會詞（1936）
致馮玉祥（1936）
題馬建忠著《東行三錄》（1936）
救國談話（1936）
學術傳教（1936）
致馮玉祥（1937）
南海何君墓志銘（1937）
家產立典記（1937）
致徐宗澤（1937）
致李蔭西（1937）
《申報》發行港版感言（1938）
精誠團結一致對外（1938）
家書選輯
馬相伯年譜簡編